پیوندهای پپتیدی پیوندهای شیمیایی کووالانسی‌ای اند که هنگامی تشکیل می‌شوند که گروه کربوکسیل یک اسید آمین با گروه آمینوی دیگری واکنش کند. به بیانی دیگر پپتیدها آمیدهایی هستند که به واسطه اثر متقابل بین گروه‌های آمینو و کربوکسیل آمینواسیدها تشکیل می‌شوند، در چنین ترکیبهایی گروه آمینو -NHCO-، به نام اتصال یا پیوند پپتیدی نامیده می‌شود. وجه تمایز بین آن‌ها بر اساس تعداد باقی‌ماندههای اسید آمینه در هر مولکول می‌باشد، که بر این اساس به عنوان دی‌پپتید، تری‌پپتید و غیره و در نهایت بس پپتید (پلی‌پپتید) خوانده می‌شوند. پروتئین‌ها، مولکول‌های بس‌پپتیدی (پلی پپتیدی) ای هستند که از کنار هم قرار گرفتن چندین واحد بس پپتیدی چه به صورت خطی و چه به شکل‌های موضعی، سه بعدی یا حتی چند زیرواحد بس‌پپتیدی که به شکل فضایی در کنار هم قرار می‌گیرند، موسوم به ساختار نوع چهارم، تشکیل می‌شوند.

تمایز بین آن‌ها در این است که پپتیدها رشته‌هایی کوتاه و بس‌پپتیدها و پروتئین‌ها رشته‌هایی بلند از اسید آمینه هستند. به عبارتی تمایز بین آن‌ها در تعداد پپتیدهای تشکیل دهنده زنجیره می‌باشد. کوتاه‌ترین پپتیدها دی پپتیدها هستند، که شامل دو اسید آمینه پیوند شده توسط یک پیوند پپتیدی ساده می‌باشند، و بعد از آن تری پپتید، تترا پپتید و … یک بس پپتید (پلی پپتید) یک زنجیره طولانی، پیوسته و بدون شاخه از اسیدهای آمینه است. همچنین پپتیدها از پروتئین‌ها بر اساس اندازه تمیز داده می‌شوند و به عنوان یک قرارداد شامل پنجاه اسید آمینه یا کمتر هستند.[۱] پروتئین‌ها شامل یک یا بیشتر از پلی پپتیدهایی هستند که بر اساس کارکرد زیست‌شناسی‌شان در کنار هم قرار گرفته‌اند، این دسته‌ها اغلب با لیگاند‌هایی همچون کوآنزیم‌ها، کوفاکتور‌ها یا پروتئین‌های دیگر یا درشت‌مولکول دیگری (همچون DNA ،RNA و …) یا مجموعه‌های بزرگ مولکولی پیچیده پیوند تشکیل می‌دهند. در نهایت هر چند آنچه که در تکنیک‌های آزمایشگاهی به منظور تعیین یا تشخیص به کار برده می‌شوند در مورد پپتیدها متفاوت است با پلی پپتیدها و پروتئینها، (به عنوان نمونه تعیین و تشخیص با روش‌های الکتروفورز، کروماتوگرافی و غیره)، با این همه مرز مشخصی بین پپتیدها و پلی پپتیدها یا پروتئین‌ها وجود ندارد. پپتیدهای بلند زنجیره مانند بتا-آمیلویید به عنوان پروتئین مورد مطالعه قرار می‌گیرند و پروتئین‌های کوچکتر مانند انسولین به عنوان پپتید. از این رو پپتیدها در ردیف مواد شیمیایی چندپار(اولیگومر) و بسپار(پلی‌مر) قرار می‌گیرند در حالی که همچنان جز اسیدهای نوکلییک، اولیگوساکارید‌ها و پلی‌ساکارید‌ها طبقه‌بندی می‌شوند.